" คณะวิศวกรรมศาสตร์มหาวิทยาลัยมหิดลในฐานะเป็นสถาบันอุดมศึกษาแห่งหนึ่งได้ตระหนักถึงความสำคัญในเรื่องการประกันคุณภาพการศึกษาซึ่งถือเป็นสิ่งสำคัญที่ทำให้เกิดความมั่นใจว่าเป็นสถานศึกษาที่มีคุณภาพมาโดยตลอด นับตั้งแต่ได้มีพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 ทั้งมาตรา 47 และมาตรา 48 กำหนดให้สถาบันอุดมศึกษาทุกหน่วยงานจัดให้มีระบบประกันคุณภาพการศึกษาขึ้น เนื่องจากระบบการประกันคุณภาพมีการติดตามตรวจสอบและประเมินผลการทำงานอย่างเป็นขั้นตอนอย่างต่อเนื่องและเพื่อให้งานด้านการประกันคุณภาพของคณะวิศวกรรมศาสตร์เป็นผลสัมฤทธิ์ในทางปฏิบัติได้อย่างรวดเร็ว จึงกำหนดให้มีหน่วยงานโดยตรงที่จะรับผิดชอบประสานภารกิจดังกล่าวข้างต้น ซึ่งสอดรับกับนโยบายการบริหารงานภายในส่วนงานของมหาวิทยาลัยมหิดล ตามมติการประชุมคณะกรรมการสภามหาวิทยาลัยที่เห็นชอบให้มีการแบ่งหน่วยงานภายในส่วนงานของมหาวิทยาลัยมหิดล ตามประกาศมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 และรองศาสตรจารย์ ศุภชัย นาทะพันธ์ (รองคณบดีฝ่ายประกันคุณภาพ) ได้ก่อตั้งสำนักงานประกันคุณภาพ เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2554 ณ ห้อง R228 อาคาร 1 คณะวิศวกรรมศาสตร์   "